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包工头注册公司后需要缴纳的税种包括多种，具体税种和税率可能会因具体情况而异，但一般包括以下税种。
1、增值税：是包工头注册公司需要缴纳的主要税种之一，根据公司的营业额和应税服务的不同，税率也会有所不同。
2、企业所得税：公司盈利需要缴纳企业所得税，税率为25%。
3、印花税：在某些情况下，公司可能需要缴纳印花税，例如在签订一些合同或进行某些交易时。
4、附加税费：包括城市维护建设税、教育费附加税、地方教育附加税等，这些税费是根据公司应缴纳的增值税额来计算的。
5、个人所得税：如果公司发放工资或奖金等收入给包工头或其他员工，还需要代扣代缴个人所得税。